Il server è fatto con bukkit?
In caso lo fosse, potresti scaricare il plugin Essentials.
Successivamente con il comando /weather sun toglieresti la pioggia, mentre con il comando /weather storm la metteresti.
Per trovare essentials basta che scrivi su google, plugin Essentials.
Se invece il server fosse creato con il normalissimo minecraft_server.exe il comando è /toggledownfall , come ha detto L2g95.
Spero di esserti stato utile.