beh per una costum map secondo me è meglio partire da una creata dal pc e inserircig li elementi. con MCedit spiani solo le zone che vuoi spianate, e ha due vantaggi:
1- una volta esplorata la parte costum c'è il resto del mondo, è come una mappa vera ma con la parte personalizzata.
2- con l'importazione degli schematics poi prendere anche roba da altre mappe e inserirla benissimo, così puoi fare qualcosa di immenso in poco tempo.
ovviamente se vuoi solo creare un edificio il top è usare una mappa piatta di MC edit perchè non devi smadonnare per fare il terreno come ti serve ^^
ps: consiglio, se vuoi fare un edificio molto grande, crealo in modo da avere parti modulari, tipo mura, torri, sale vuote ecc, così sempre con import scehmatics potrai replicarle e riposizionarle dove ti serve. poi le personalizzi nella partita normale.